El Pokérus es un virus beneficioso que duplica la cantidad de puntos de esfuerzo ganados en combate. Fue introducido a partir de la segunda generación y descubierto cuando el Profesor Elm llama para contarle al protagonista sobre el Pokérus. Generalmente al ser contagiado, se da un aviso al jugador en el centro Pokémon al que se acuda después de ser infectado. Proviene de las palabras Pokémon y Virus, queriendo así decir Virus Pokémon.
La enfermedad duplica la cantidad de puntos de esfuerzo ganados en combate para cada característica. Es acumulable a los efectos de vestidura y los objetos que aumentan en 4 los puntos de esfuerzo ganados en una característica particular (objetos recios), aumentando esta ganancia a 8. Además de ello, esta enfermedad es tan contagiosa al punto que un solo Pokémon puede esparcir el virus a otros Pokémon en el equipo. Incluso los huevos pueden llegar a obtener el Pokérus, ya que cuando el huevo eclosione, el bebé saldrá ya contagiado de la enfermedad.
No tiene ningún otro efecto por lo que se puede afirmar que el Pokérus es beneficioso para el entrenamiento de los Pokémon. Mucha gente piensa que un Pokémon al estar infectado por el Pokérus gana más puntos de experiencia, lo cual es falso, únicamente lo hace con los Puntos de Esfuerzo, aunque en el juego no te dé muchos datos del virus, ya que sólo se te informa de que es muy contagioso y de que no le hace ningún daño a los Pokémon, sino que son más fáciles de entrenar, pero no sabe por qué.
El Pokérus se contagia inicialmente al equipo cuando un Pokémon del equipo tiene un encuentro con un Pokémon salvaje contagiado con el Pokérus. La probabilidad de que se de esta situación es muy baja, de 3 entre 65.536 casos (0,0045%). No es necesario atrapar al Pokémon para que contagie a algún miembro del equipo, por ello tener un encuentro con un Pokémon infectado es suficiente para que tu Pokémon en combate se contagie. También es posible obtenerlo por vía GTS si el Pokémon ofrecido lo tiene en forma activa, aunque no es posible saber si va infectado hasta que lo recibes y ver sus datos. Si el Pokémon que llevas de inicial en el juego lucha contra un entrenador con el virus, ese Pokémon se contagiará, al igual que si metes en la guardería a un Pokémon con Pokérus, que si además crían, tendrán un Huevo contagiado del virus.
Este virus se propaga entre los miembros del equipo. El primer signo de infección en los juegos de la segunda generación es cuando la enfermera Joy te explica que tu Pokémon ha sido contagiado, cuando esta lo cura en la máquina, ella dice que es de características desconocidas.
El Pokémon infectado, pasados 3 cambios de días (ver más adelante) en el equipo en la segunda generación o entre 1 y 5 en generaciones posteriores según su naturaleza, desarrolla resistencia a este, lo que previene que infecte a otros Pokémon pero no elimina el beneficio de los puntos de esfuerzo.
Para evitar que un Pokémon se haga resistente al Pokérus (es decir, que ya no podrá infectar a otros) hay que depositarlo en una caja del sistema de almacenamiento Pokémon antes de un cambio de día, o lo que es lo mismo, antes de que el reloj interno llegue a las 00:00, independientemente de que en ese momento estemos jugando o no. De esa forma, el Pokérus se puede conservar indefinidamente en su forma activa. Tampoco se hará resistente a él si se lo deja en la guardería, o si se ofrece por la GTS.
El Pokérus sólo se contagia en el equipo. Un Pokémon guardado en una caja del sistema de almacenamiento Pokémon no contagiará a otros Pokémon, ni uno del equipo a uno del PC, naturalmente.
El Pokérus es el único estado que le hace bien al Pokémon, el cual le ayuda al Pokémon a ganar el doble de puntos de esfuerzo así que no hay que temerle, los efectos son por poco tiempo, por lo que no está nada mal que el Pokémon tenga el Pokérus.
En los juegos de Pokémon Rojo Fuego y Verde Hoja el Pokérus durará eternamente en su forma activa debido a que no hay reloj interno.
Un huevo Pokémon también puede infectarse de Pokérus si está en un equipo con un miembro infectado, del cual cuando eclosione saldrá un Pokémon infectado desde el comienzo con el virus.
La mejor manera de propagar el Pokérus por tu equipo es poner el Pokémon infectado en el primer lugar del equipo y realizar unos cuantos combates. Cada tres o cuatro combates, el Pokémon que esté en el hueco siguiente al infectado (si es el primero, el segundo, si es el segundo, el tercero, entre otros.) se contagiará y estará también infectado con el Pokérus. Cuando consigues tres infectados, los pones el primer, tercer y quinto hueco; así con tres combates más, habrás infectado a todo tu equipo.
A partir de la 4ª generación, el Pokémon infectado necesita hacer un número de combates mínimo para poder infectar al resto, y tras infectar a otro Pokémon necesita volver a realizar por lo menos ese número de combates para poder infectar a otro. Si cuando ha alcanzado el número de combates mínimo no puede infectar a ningún Pokémon, quedará de forma latente hasta que pueda infectar a alguno. Si se deja en el sistema de almacenamiento de Pokémon, al sacarlo tendrá que volver a realizar el número de combates mínimo para poder infectar a otros Pokémon. Este número de combates varía dependiendo de si se trata de Pokémon salvajes, de un entrenador o una cadena con el Pokéradar.
Una curiosidad en la forma de propagación es que no solo el primero del equipo se lo pueda pasar al segundo sino también que si pones a otro en el último hueco y combates, una vez se haya infectado el segundo los demás también lo harán al instante. Si se tiene algún Pokémon en el equipo que esté infectado de Pokérus en su forma desactivada bloqueará la propagación antes mencionada.